视诊

检查肛门皮肤有无红肿、包块，有无破溃、溢脓。

直肠指诊

肛周红肿的范围，边界是否清楚，是否质硬，有无波动感，触痛是否明显，肛管和直肠是否有隆起和触痛，直肠黏膜外是否有隆起触痛及波动感

细针穿刺抽脓

触及波动最明显处或肿胀最明显处行经皮肤穿刺或经直肠穿刺，如果抽出脓液即可确诊。

经肛门直肠腔内超声

麻醉状态下行经肛门直肠腔内超声，可以观察脓腔的部位、大小、炎症波及周围组织的范围、深度及其与肛管、肛门括约肌间的关系，对切开引流后怀疑有脓液残留者也有较大的诊断价值。

MRI检查

MRI在肛周脓肿诊断中优势明显，可清晰显示肛管解剖结构、病变及其关系。大范围任意平面扫描使深部脓肿、多发脓肿不易漏诊。MRI可清晰显示肛提肌、肛门内外括约肌和括约肌间沟等重要的肛管结构及其与肛周脓肿的位置关系，MRI图像能显示肛周脓肿的位置及其范围，多用于诊断复杂性及高位肛周脓肿，并可描绘肛瘘瘘管形态和识别内口的位置。有研究认为，盆腔MRI的敏感性和准确性略髙于超声内镜。

CT检査

适用于复杂性肛周化脓性疾病，尤其是骨盆直肠脓肿和对有肛周病理表现的克罗恩病患者。

肛门镜或结肠镜检查

肛门镜和结肠镜能够发现肛瘘内口和其他黏膜病变，如克罗恩病。

实验室检查

如果合并全身症状严重的潜在疾病或诊断不明确，可以行相应的实验室检查。肛周脓肿的血常规检查，可见白细胞计数及中性粒细胞计数比例增高。